在他分辨酶的種類(lèi)的同時(shí)，海床以下的無(wú)盡黑暗之中，盤(pán)亂交錯(cuò)的根莖網(wǎng)絡(luò)緊緊地抓住四周的巖石。
生長(zhǎng)只不過(guò)是根莖的日常工作，在軸根的發(fā)源地，管狀組織群的中央，這里已經(jīng)膨脹成一個(gè)巨大的肉瘤，幾條更加堅(jiān)韌的根莖圍繞著軸根生長(zhǎng)出來(lái)，它們生長(zhǎng)的物質(zhì)來(lái)源和一般的根莖不同，是通過(guò)核心肉瘤將儲(chǔ)存區(qū)的養(yǎng)分運(yùn)輸過(guò)來(lái)。它們被它稱之為主根，是軸根的弱化版，也是軸根之后意義最重大的功能根。
主根的前端分為三個(gè)部分，最前端是挖掘端，然后是生長(zhǎng)區(qū)，最后是成熟區(qū)，生長(zhǎng)區(qū)的細(xì)胞成熟后在中間會(huì)形成一條通道讓營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)流入。
通道是血管的強(qiáng)化版，它們擁有細(xì)胞壁并且在這些細(xì)胞壁中他還摻雜了不少的各種物質(zhì)進(jìn)去，用來(lái)增強(qiáng)通道的結(jié)構(gòu)強(qiáng)度，使它們?cè)谕ǖ纼?nèi)營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)流速過(guò)快的時(shí)候產(chǎn)生坍塌，這一些根莖被他稱為探索根。
不過(guò)在這些探索根中就有那么幾條，它們的前進(jìn)方向和其它的探索根不同并且以螺旋纏繞的方式組成一條更粗的根莖，橫向生長(zhǎng)，只向著一個(gè)方向前進(jìn)，目標(biāo)是附近一塊高于水平面的巖石造物，這曾經(jīng)是一座活火山，也是他的出生點(diǎn)。
或者說(shuō)是它再次睜開(kāi)眼時(shí)，旁邊就是這座在水面之上，持續(xù)不斷的噴灑著黑色煙塵的巨型海底火山。
但那是曾經(jīng)，現(xiàn)在它已經(jīng)熄滅了，正是因?yàn)樗呀?jīng)熄滅了，他才要離開(kāi)?；鹕较缌?，附近水域的營(yíng)養(yǎng)豐富度就會(huì)不足，大部分的生物都會(huì)離開(kāi)，并且還會(huì)伴隨大量的死亡。
像他體內(nèi)的甲烷菌、硝化菌等大部分共生菌都是從那里獲得的，只有少部分才是在他后來(lái)的云游中得到的。而且還有部分共生菌的遺傳序列被他并入了自己的序列中，剩下的或早或晚就會(huì)被它淘汰，沒(méi)必要并入的。
當(dāng)它再次回到這里的時(shí)候，火山依舊平靜。不過(guò)在附近卻有幾個(gè)超小型的海底火山群，也許是對(duì)于故地的留戀，也么有嫌棄這個(gè)新的火山群的大小，就這么住下來(lái)了。
在到達(dá)一定的規(guī)模后，有了充足的物質(zhì)儲(chǔ)備與物質(zhì)采集量，特別是有了新的以氧氣為主的呼吸鏈后，它已經(jīng)可以合成能量?jī)?chǔ)存密度更高的分子，在同體積下是過(guò)去的百倍。
特別是它對(duì)酶的分類(lèi)工程，這使它更加容易的控制自己的每一個(gè)細(xì)胞中的每一個(gè)代謝進(jìn)程。它覺(jué)得自己已經(jīng)不再是一只生物，而是一臺(tái)機(jī)器，細(xì)胞中的一條條生產(chǎn)線不斷的加工出一個(gè)個(gè)嶄新的零件，這些零件在細(xì)胞這個(gè)巨大的廠房中組裝成一臺(tái)臺(tái)機(jī)器，是者是建筑的框架。然后再?gòu)S房外修一間一摸一樣的廠房，這就是所謂的分裂；而也許是因?yàn)橛行碌募庸び?jì)劃，廠房擴(kuò)建，增加新的機(jī)器，組成新的生產(chǎn)鏈，有了新的功能，這就是所謂的分化。
不過(guò)很快它便打消了這些念頭，雖然它沒(méi)有像其他生物一樣擁有神經(jīng)元聚集體，但總會(huì)產(chǎn)生一些奇奇怪怪的想法。
現(xiàn)在他想要重新登上這座島嶼，一條以螺旋纏繞形成的根莖是不夠的，但很快就會(huì)有第二條，第三條。并且，在火山島的周?chē)?，還有大量的物質(zhì)，它們都是各種營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的原材料，它有能力去使用這些曾被它視為廢物的物質(zhì)。
有幾條已經(jīng)開(kāi)始深探的探索根，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)一些有價(jià)值的東西了，一條礦脈，各種金屬物質(zhì)含量平均，完全由各樣餓結(jié)晶混合而成。
在后續(xù)發(fā)現(xiàn)的幾條礦脈也是如此，它便將這種礦脈稱之為‘晶礦’。
它猜測(cè)在這個(gè)星球上，礦物并不會(huì)較純的出現(xiàn)。在這里，也許唯一會(huì)出現(xiàn)的礦物就是晶礦。將這些晶礦挖掘出來(lái)后，就可以把里面的有效成分提取出來(lái)。在這里他用上了一種新的器官，“加工廠”。
在這條晶礦中他可以從中提取各種他所需要的元素。不過(guò)在晶礦中也有不少的放射元素，防護(hù)一定要做好，一些重核元素運(yùn)輸過(guò)來(lái)，在這里采礦的的根莖的細(xì)胞膜中會(huì)摻雜不少重核元素。
還有的是一個(gè)巨大的地下空洞，自然形成沒(méi)有其他生物的蹤跡，他是這里第一個(gè)造訪者。概然發(fā)現(xiàn)一個(gè)這樣的地方，這條根莖和發(fā)現(xiàn)晶的那條一樣，它不需要繼續(xù)往下前進(jìn)了，會(huì)有一條新的根莖代替他繞過(guò)這個(gè)空洞，繼續(xù)向前。
這個(gè)空洞他準(zhǔn)備改造成一個(gè)儲(chǔ)物空間。
通向火山島的根莖又增加幾條，現(xiàn)在一共有二十多條在火山島周?chē)P(pán)旋，圍了一圈一圈。
各種各樣的細(xì)胞器被他制造出來(lái)，DNA的長(zhǎng)度也增長(zhǎng)了幾倍。有了氧氣甲烷菌等共生菌的作用就越來(lái)越小了，現(xiàn)在他還差一個(gè)何以光合的地點(diǎn)想到?；鹕綅u就是一不錯(cuò)的地點(diǎn)。
紅細(xì)胞等運(yùn)輸、保衛(wèi)細(xì)胞也在這段時(shí)間中完成設(shè)計(jì)。
紅細(xì)胞，是用于運(yùn)送氧氣的細(xì)胞，在他的改造下變得還可以運(yùn)輸少量的其他物質(zhì)。他現(xiàn)在是一只好氧生物，也需要大量氧氣，他的紅細(xì)胞也是沒(méi)有細(xì)胞核的。而他的身軀十分龐大，一個(gè)心臟是不夠的，但如果是多個(gè)一起，那么就需要對(duì)它們進(jìn)行一個(gè)合理的分布。
原本他是想在中心地區(qū)孕育一個(gè)巨大的心臟，不過(guò)在后來(lái)的測(cè)試中，他發(fā)現(xiàn)由多個(gè)小型的心臟組成的系統(tǒng)，更能使血液流動(dòng)得更快，更能滿足他的需求。
血液循環(huán)系統(tǒng)現(xiàn)在已經(jīng)代替最初物質(zhì)運(yùn)輸系統(tǒng)，還包括一直以來(lái)當(dāng)作儲(chǔ)物器的瘤狀結(jié)構(gòu)，它可以開(kāi)合，并且和血管連接上，營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)與原料分別放在瘤狀結(jié)構(gòu)的兩個(gè)區(qū)域之中，瘤狀結(jié)構(gòu)內(nèi)的食物由經(jīng)過(guò)的血管細(xì)胞帶走，再帶給其他地方補(bǔ)充營(yíng)養(yǎng)，同時(shí)經(jīng)過(guò)另一條運(yùn)輸系統(tǒng)將加工廠生產(chǎn)出的建材運(yùn)送到正在生長(zhǎng)的組織中。
加工廠同樣也是瘤狀結(jié)構(gòu)，它由各種不同類(lèi)型的加工細(xì)胞組成，它可以各種原材料加工成它所需的物品，從物質(zhì)提純、制造合金到分子級(jí)拼接都可以做到。它是他最重要的器官，沒(méi)有之一。