獨(dú)眼巨人、百手巨人與奧林帕斯眾神結(jié)成聯(lián)盟。獨(dú)眼巨人和赫淮斯托斯合作，為宙斯打造了閃電權(quán)杖。這把閃電權(quán)杖蘊(yùn)含了巨大的能量，只有宙斯能夠舉起。宙斯試著用了一下閃電權(quán)杖，一個(gè)霹靂從天而降，高貴泰坦和妖怪們嚇破了膽。獨(dú)眼巨人又為波塞冬打造了三叉戟，為哈迪斯打造了雙股叉。三叉戟蘊(yùn)含的能量可以制服海洋，雙股叉的能量可以壓制亡靈。
宙斯兄弟們很高興，認(rèn)為可以向亞特蘭蒂斯進(jìn)攻了。耶和華道：“強(qiáng)有力的宙斯，尊敬的奧林帕斯眾神?？肆_諾斯作為神王，可以征調(diào)上百顆殖民星球的軍隊(duì)。故攻擊亞特蘭蒂斯的要點(diǎn)是摧毀傳送門(mén)廣場(chǎng)，別讓外星部隊(duì)抵達(dá)原星球?！?p> “說(shuō)得對(duì)，”宙斯道，“雅典娜，快通知阿堪透斯，讓他做好準(zhǔn)備，準(zhǔn)備遠(yuǎn)征?！?p> 阿堪透斯從薩拉米斯海灣打撈了一艘亞特蘭蒂斯沉船，讓奧林匹亞科斯人模仿著建造戰(zhàn)艦?？紤]到奧林匹亞科斯人不擅長(zhǎng)海戰(zhàn)，為此他在戰(zhàn)艦上設(shè)計(jì)了接舷吊橋，能夠鉤住敵方戰(zhàn)艦甲板，形成吊橋，讓士兵們從吊橋上沖過(guò)敵方戰(zhàn)艦上去戰(zhàn)斗。
阿堪透斯和帕爾修斯率領(lǐng)一隊(duì)?wèi)?zhàn)艦進(jìn)攻第七區(qū)，阿堪透斯看到西緒福斯作為代理執(zhí)政官指揮第七區(qū)艦隊(duì)就來(lái)氣，因?yàn)槲骶w福斯出賣(mài)了他的兒子克洛斯。
阿堪透斯讓?xiě)?zhàn)艦接近西緒福斯的戰(zhàn)船，放下接舷吊橋。阿堪透斯第一個(gè)沖過(guò)吊橋，無(wú)人能擋，他走到西緒福斯面前，用長(zhǎng)矛刺穿了這個(gè)叛徒的身體。第七區(qū)艦隊(duì)士兵們討論，他們的執(zhí)政官本來(lái)就不是西緒福斯，而是阿堪透斯，他們應(yīng)該聽(tīng)從阿堪透斯。于是第七區(qū)士兵不停地喊：“第七區(qū)艦隊(duì)歡迎阿堪透斯執(zhí)政官回歸，接受執(zhí)政官指揮！”
第七區(qū)倒戈的消息傳到亞特蘭蒂斯城里，克羅諾斯大怒，一面命令大部隊(duì)圍剿第七區(qū)，另一面組織一支精良部隊(duì)進(jìn)攻第二區(qū)的迷思學(xué)園，要迷思學(xué)園交出克洛斯。
迷思學(xué)園上下驚恐，智者們紛紛要求柏拉圖獻(xiàn)出克洛斯。柏拉圖拒絕，他將一封信交給克洛斯，道：“好孩子克洛斯，將這封信送到奧林匹亞科斯大陸色雷斯形而上學(xué)園的亞里士多德。”
“老師，”克洛斯道，“您不是說(shuō)亞里士多德傷了您的心嗎？”
“但他畢竟是我的學(xué)生?！卑乩瓐D道。
“老師您不跟著走嗎？”克洛斯哀切地問(wèn)。
“學(xué)園在，我就在；學(xué)園不在，我就不在?？烊グ桑 卑乩瓐D邊說(shuō)邊推克洛斯走。克洛斯含淚離開(kāi)老師，向形而上學(xué)園而去。
智者們都不理解柏拉圖的行經(jīng)，柏拉圖對(duì)眾智者道：“迷思學(xué)園現(xiàn)在解散，各位智者各奔前程吧！”
這話(huà)在智者們炸開(kāi)了鍋，有的不能接受學(xué)園解散，有的冷靜后離開(kāi)學(xué)園，有的誓死跟在柏拉圖身邊。亞特蘭蒂斯的軍隊(duì)來(lái)了，第二區(qū)執(zhí)政官要柏拉圖交出克洛斯，柏拉圖道：“這不可能！”
執(zhí)政官怒道：“你不想活了嗎？”
“我將追隨我?guī)煻??！卑乩瓐D道。
執(zhí)政官下令，“燒了學(xué)園！”迷思學(xué)園被毀。
卡德摩斯和坦塔羅斯率領(lǐng)的另一支艦隊(duì)進(jìn)攻第三區(qū)，他們把赫淮斯托斯的黃金巨人、白銀巨人、青銅巨人和黑鐵巨人也帶過(guò)來(lái)了。他們上岸后直奔磁歐石礦場(chǎng)，殺了那里的守衛(wèi)。然后和巨型蜘蛛搏斗，付出巨大傷亡后，取回兩船的磁歐石原礦石。波塞冬讓他們把磁歐石原礦石交給他。
亞特蘭蒂斯的主力部隊(duì)都在第七區(qū)，阿堪透斯不停地鼓舞士兵戰(zhàn)斗，帕爾修斯用墨杜薩的頭讓許多亞特蘭蒂斯士兵、樹(shù)妖、翼人等變成石頭，但對(duì)機(jī)械人和其他人造人無(wú)效。阿堪透斯部隊(duì)漸漸處于劣勢(shì)，宙斯拋下一個(gè)閃電，阿堪透斯鼓舞道，“弟兄們看啊，宙斯在幫助我們了！”于是阿堪透斯的軍隊(duì)士氣大振，戰(zhàn)場(chǎng)形勢(shì)出現(xiàn)了轉(zhuǎn)變。
克利俄斯帶著許珀里翁和忒亞趕過(guò)來(lái)援助，這邊雅典娜迎戰(zhàn)克利俄斯。阿波羅和阿爾忒彌斯再次找許珀里翁和忒亞決斗，四位神祇從第七區(qū)打到第八區(qū)的神山獵場(chǎng)。
波塞冬和阿瑞斯進(jìn)攻第三區(qū)，伊阿帕托斯迎戰(zhàn)。當(dāng)卡德摩斯和坦塔羅斯得到磁歐石原礦石后，波塞冬過(guò)去接應(yīng)，只留下阿瑞斯?fàn)恐埔涟⑴镣兴埂?p> 哈迪斯和赫爾墨斯?jié)撊氲谒膮^(qū)的地獄之門(mén)，守護(hù)地獄之門(mén)的地獄獸兇猛異常，它們攻擊任何來(lái)犯者，不管是人是妖怪還是泰坦或神祇。哈迪斯第一次使用雙股叉，將所有的地獄獸擊倒。哈迪斯和赫爾墨斯通過(guò)地獄之門(mén)，去解救瑞亞、俄刻阿諾斯和泰西斯。
宙斯來(lái)到亞特蘭蒂斯城上空，用閃電擊毀了兩座星際飛行器?？空?，當(dāng)他要擊毀第三座星際飛行器?？空緯r(shí)，克羅諾斯出現(xiàn)并阻止他?？肆_諾斯和宙斯父子倆又打起來(lái)，這一次有閃電權(quán)杖在身，宙斯占據(jù)明顯優(yōu)勢(shì)?？肆_諾斯被閃電擊中了好幾次，但不時(shí)有其它星球軍隊(duì)從傳送門(mén)出來(lái)幫助克羅諾斯，宙斯不得不分神去打擊這些外星援軍。
這時(shí)，波塞冬坐著海底車(chē)從外海通過(guò)河道趕到亞特蘭蒂斯城內(nèi)湖底，將磁歐石原礦石安放在這里。宙斯見(jiàn)狀拋出一個(gè)大閃電，然后就跑了。
波塞冬聽(tīng)到這個(gè)作為信號(hào)的大閃電，就用三叉戟揮打磁歐石原礦石，讓里面的磁歐石爆炸。磁歐石爆炸又引爆了能源館里的磁歐石和沙瓦武器等大規(guī)模殺傷性武器，引起整個(gè)亞特蘭蒂斯大陸大地震和大海嘯，繁榮的亞特蘭蒂斯城被沖擊波摧毀；亞特蘭蒂斯大陸被撕成無(wú)數(shù)碎片，紛紛沉入海底。
克羅諾斯向空中咆哮：“宙斯，波塞冬，看看你們做的好事！整個(gè)亞特蘭蒂斯都?xì)Я?！?p> 哈迪斯和赫爾墨斯及時(shí)將瑞亞、俄刻阿諾斯和泰西斯從地獄火中解救出來(lái)。許珀里翁和忒亞看著亞特蘭蒂斯沉沒(méi)，許珀里翁首先對(duì)阿波羅和阿爾忒彌斯道：“不要打了，不要打了！我們投降。我們的兒女太陽(yáng)泰坦赫利俄斯和月亮泰坦塞勒涅交給你們做人質(zhì)好嗎？”
阿波羅同意了。阿波羅和阿爾忒彌斯見(jiàn)到神山獵場(chǎng)的獨(dú)角獸、云鹿、風(fēng)馬、剛野豬，心癢癢地想打獵，他們覺(jué)得神山獵場(chǎng)沉沒(méi)海中怪可惜的，于是抓住了許多獵物，送到奧林匹亞科斯大陸各處獵場(chǎng)。
宙斯突然想起他曾許諾要把圣園的金蘋(píng)果送給赫拉，決不能讓圣園沉沒(méi)。于是他來(lái)到第一區(qū)的圣園，他剛到這里，就見(jiàn)到厄庇墨透斯和墨諾提俄斯。他倆見(jiàn)到閃電護(hù)身的宙斯就出來(lái)投降。宙斯道：“要投降保命可以，但首先要先保護(hù)圣園。”
宙斯、厄庇墨透斯和墨諾提俄斯就一起抬升圣園，防止圣園被海嘯摧毀。這時(shí)阿特拉斯來(lái)了，他先是訓(xùn)斥兩個(gè)弟弟：“厄庇墨透斯和墨諾提俄斯，你們兩個(gè)窩囊廢，竟然在幫助宙斯！現(xiàn)在是殺宙斯的好機(jī)會(huì)！”
宙斯正在抬升圣園，騰不出手來(lái)操作閃電權(quán)杖。他只好嘗試著騙阿特拉斯：“阿特拉斯，剛才你聽(tīng)到那聲巨響了嗎？亞特蘭蒂斯將要沉沒(méi)，比這更可怕的是天空烏拉諾斯就要塌下來(lái)了。如果天空塌下來(lái)，我們都保不住性命。我現(xiàn)在只能懇求你出手相助，去頂住將要坍塌的天空?！卑⑻乩共⒉宦斆?，他相信了宙斯的話(huà)，迎著走向天空，用肩膀死死地頂住天空泰坦烏拉諾斯。
宙斯又道：“阿特拉斯，堅(jiān)持住啊，千萬(wàn)別松開(kāi)?。 ?p> 然后，宙斯和厄庇墨透斯、墨諾提俄斯護(hù)住了圣園，他們就離開(kāi)了，留下愚蠢的阿特拉斯獨(dú)自支撐天空。
當(dāng)亞特蘭蒂斯大陸沉沒(méi)時(shí)，卡德摩斯和坦塔羅斯已經(jīng)在回奧林匹亞科斯的船上，但阿堪透斯和帕爾修斯還在戰(zhàn)斗。雅典娜救出了阿堪透斯，當(dāng)再要去救帕爾修斯時(shí)卻來(lái)不及了，帕爾修斯隨著亞特蘭蒂斯一起沉沒(méi)。
泰坦之戰(zhàn)終于結(jié)束了！宙斯將克羅諾斯、克利俄斯和伊阿帕托斯關(guān)進(jìn)地獄塔爾塔洛斯深淵的最深處，由三個(gè)獨(dú)眼巨人和三個(gè)百手巨人看守。許珀里翁和忒亞被嚴(yán)密監(jiān)視，阿波羅監(jiān)視赫利俄斯，阿爾忒彌斯監(jiān)視塞勒涅。阿特拉斯永遠(yuǎn)支撐天空。普羅米修斯還是被限制在奧林帕斯山周?chē)?。蓬托斯、陶瑪斯、福耳?kù)斯、刻托和歐律比亞被釋放。福耳庫(kù)斯和刻托生下的眾多妖怪遍布奧林匹亞科斯及周邊海島海域。
宙斯成為新一任神王，他封赫拉為天后。但宙斯、波塞冬和哈迪斯三兄弟對(duì)于如何分配戰(zhàn)后秩序產(chǎn)生了分歧。