涿鹿之戰(zhàn)后，軒轅黃帝獲得了極高的贊譽(yù)，大家都認(rèn)為是在軒轅黃帝的英明領(lǐng)導(dǎo)之下，人們贏得了戰(zhàn)爭(zhēng)的勝利，不但挽救了中原部落，還讓中原部落成為最強(qiáng)大的部落。但是，原來(lái)神農(nóng)炎帝的部下不服氣，戰(zhàn)勝蚩尤的是神農(nóng)氏和軒轅氏的聯(lián)軍，憑什么功勞全被軒轅得到，而且神農(nóng)氏族的損失更大。他們不停地在神農(nóng)身邊抱怨，甚至挑撥是非。神農(nóng)終于忍不住叨擾，組織軍隊(duì)，發(fā)動(dòng)戰(zhàn)爭(zhēng)。
這場(chǎng)中原部落間的內(nèi)戰(zhàn)在阪泉打響。神農(nóng)炎帝的軍隊(duì)擅長(zhǎng)用火，他們用火圍攻軒轅城，火勢(shì)浩大，灼人干渴；濃煙滾滾，傷人眼鼻。但很快，軒轅這邊的應(yīng)龍輕松地用水熄滅了大火。
軒轅反擊，以熊、羆、貔、貅、貙、虎為前驅(qū)，以雕、鶡、鷹、鳶為旗幟，后面大軍跟上，將神農(nóng)的軍隊(duì)擊退，并圍困在阪泉的山谷里。神農(nóng)及其部下組織多次突圍，軒轅和風(fēng)后采用九天玄女傳授的兵法，一會(huì)列五行陣，一會(huì)列北斗七星陣，一會(huì)又是其它陣型，神農(nóng)軍隊(duì)無(wú)法突圍。就這樣神農(nóng)軍隊(duì)被圍困了三年，神農(nóng)不愿再看到殺戮，主動(dòng)向軒轅投降。
神農(nóng)前來(lái)投降，軒轅大喜，說(shuō)愿意冰釋前嫌，兩人共同執(zhí)掌部落聯(lián)盟首領(lǐng)。但神農(nóng)卻拒絕了，他說(shuō)：“領(lǐng)導(dǎo)人民過(guò)上幸福的日子，我不如你；我要讓我的部落也接受您的領(lǐng)導(dǎo)?！?p> “那你怎么辦？就不愿意和我一起帶領(lǐng)人們過(guò)好日子嗎？”軒轅問(wèn)。
神農(nóng)答道：“您身邊已有許多能人輔佐，不再缺我一個(gè)。我年輕時(shí)曾立志辨識(shí)百草，對(duì)抗疾病。我要去完成我的心愿?！?p> 就這樣，神農(nóng)只帶了少數(shù)幾個(gè)身邊隨從，到南方去了。神農(nóng)部落的人，大多數(shù)人接受了軒轅黃帝的領(lǐng)導(dǎo)，只有少數(shù)人還在和軒轅作對(duì)。